治疗卵巢子宫内膜异位症有两种主要的方法，哪种最好至今仍有争议。选择的基础取决于外科医生认为子宫内膜异位是由卵巢皮质的内陷引起的，或是由卵巢表面的体腔上皮化生引起。第三种可能源于异位的子宫内膜直接种植在卵巢皮质表面。两种方法将分别进行论述。第一种方法是分两阶段，第一阶段包括腹腔镜检，子宫内膜异位囊肿的引流。然后是病人接着用促性腺激素释放激素激动剂连续治疗3-6个月。第二种方法是腹腔镜下完全切除子宫内膜异位囊肿。这可以通过激光或电外科完成。这两个(或三个)步骤的方法是假定引流和药物治疗都有持久的好处，但到目前为止，并没有得到证明。一年后单个步骤的方法已被证明有90％的治愈率。 直肠子宫陷窝的子宫内膜异位症，病变的程度可以是从单纯的腹膜改变到严重的浸润性疾病，这就必须切除直肠。虽然临床症状与病理学检查的严重程度并不是总是成正比的，但在常规麻醉下进行检查，可以给妇产科医生提供关于病变范围的最大信息。尽管结肠镜检查有一定价值，但是它的阳性率很低，仅有~3%。结肠镜检查的真正价值不在于确定粘膜的异常情况，而是确定直肠乙状结肠的形状是否不规则。结肠镜难通过肠道时提醒手术者，肠子在一定程度上扭曲反映子宫内膜异位症对肠道的压迫。在切除过程中，充分的肠道准备，将使直肠探针很容易通过。如果明确病灶在肌肉上，简单的切除就可以。表面浸润的局限性结节可被切除，超过腹腔镜所能缝合的缺损部位或者伤口可通过采用圆形订书机的环行切除术进行。如果病变呈弥漫性，而有必要切除病灶，这就需要开腹做一小型手术切口，但偶尔在腹腔镜下也可以完成。