大豆的子粒大小性状影响大豆产量性状,该性状为数量性状,由多个基因控制存在上位性效应。本研究以"Charleston"为母本和"东农594"为父本衍生的F_2:16-F_2:22的147个重组自交系群体为试验材料。采用多因子降维（Multifactor dimensionality reduction）方法并使用一个包含5,308个标记的大豆高密度遗传图谱,鉴定大豆粒长、粒宽和长宽比（粒长与粒宽的比率）的稳定SNPs（单核苷酸多态性）间的上位性效应。通过多因子降维方法,在p<0.001水平上检测出1,962个粒长,465个粒宽和1,480个长宽比稳定SNP-SNP互作对（出现两年以上的互作对）,检测到18个出现频率较高的热点SNP标记。在此基础上通过双因素方差分析（显着水平p<0.01）,筛选出37个粒长,2个粒宽和6个长宽比显著互作对,上位性效应值为0.0002至0.0620,贡献率范围是0.0176%到5.8756%。基于显著互作对构建了6个SNP-SNP互作子网络,每个互作子网都有中心SNP标记。对显著互作对进行基因注释,发现其中两个基因在拟南芥或水稻中己验证与子粒大小相关。本研究对阐明大豆遗传互作机制和指导大豆分子标记辅助育种具有重要指导意义。