水环境微生物主要包括原核微生物(如细菌等)，真菌(如霉菌、酵母等)，藻类和原生动物(如鞭毛虫，纤毛虫等)。用于环境污染物的监测评价和生物治理的环境微生物学原理和技术随着80年代后分子生物学方法的迅猛发展而成为环境微生物学研究中十分活跃的领域。然而目前水环境微生物研究尚存在以下问题，1)水环境微生物研究类群的不完整：集中在细菌、真菌和藻类，针对原生动物的相关研究还很缺乏，仅局限在将其作为水质的指标生物方面。2)分子机理研究领域的不完整：集中在微生物对污染物的代谢机理，利用微生物开展污染物对人等高等动物毒性分子机理的研究很少，这受限于细菌等水环境微生物均为原核生物。然而原生动物是真核生物，具有真核生物的基本生命特征；并且作为单细胞生命体方便进行分子生物学研究，是开展污染物对人等高等动物毒性分子机理研究的良好材料。因此，对水生态系统中的重要功能类群、水生真核微生物——原生动物的环境毒理学研究是水环境微生物研究中不可缺少的内容，对于认识污染物对水生态系统的影响以及对人类危害的分子机理有重要价值。