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硬件木马检测已成为当前芯片安全领域的研究热点，现有检测算法大多面向ASIC电路和FPGA电路，且依赖于未感染硬件木马的黄金芯片，难以适应于由大规模可重构单元组成的粗粒度可重构阵列电路。因此，该文针对粗粒度可重构密码阵列的结构特点，提出基于分区和多变体逻辑指纹的硬件木马检测算法。该算法将电路划分为多个区域，采用逻辑指纹特征作为区域的标识符，通过在时空两个维度上比较分区的多变体逻辑指纹，实现了无黄金芯片的硬件木马检测和诊断。实验结果表明，所提检测算法对硬件木马检测有较高的检测成功率和较低的误判率。