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SSR(Simple Sequence Repeats,简单重复序列)是一种共显性标记,广泛分布于人类、动植物等各类真核生物基因组中,主要是1～6个核苷酸如(CA)n、(AT)n、(GGC)n等重复序列,呈孟德尔式遗传,重复单位数目的不同形成了SSR位点的多态性。SSR标记的优点有:具有十分丰富的多态性,且随机均匀分布于整个基因组;其次为共显性,比显性标记提供更多的信息,可鉴别纯合子和杂合子;以PCR为基础,DNA用量少,技术简便,易于操作,重复性和稳定性好。鉴于SSR标记的以上特点,近年来广泛用于水稻、小麦、玉米、大豆等作物的遗传作图,基因定位,指纹图谱构建以及遗传多样性和遗传进化等方面的研究。由于SSR引物开发较为昂贵,茄子用SSR技术对进行遗传多样性方面的研究比较少见的。本实验利用来自干茄子同属的番茄SSR引物,采用SSR标记技术分析来自不同地区的126份茄子材料的遗传多样性。同时对所有材料的叶色、叶形、叶缘深浅、叶刺、叶脉色、叶片缺刻、茎色、茎绒毛、花冠色泽、花序数、商品果果皮色、果形、果萼刺、果实弯曲、着色、色泽、果实紧密度、形态品质、生长势、抗绵疫病、株高、叶长、叶宽、果实长、果实直径、果重等近30个主要农艺性状进行调查。从700对番茄SSR引物中利用茄子基因组DNA筛选出19对带型稳定、多态性较高的引物,不同引物对检测到多态性谱带从3条到10条不等,共检测出105条多态性条带。与番茄多态性比较,茄子上的多态性明显减少,仅为番茄的1/4。结果同时验证了作物属间的SSR引物具有一定的通用性。统计分析结果表明,19对SSR引物将126份材料分成2组,第一组中包括两份来自云南的野生种质,这两份野生种质和栽培种质杂交不亲和,并与半栽培种质以及栽培种质距离都比较远。第二组可分为2个亚组,其中第一亚组包括7份作为抗逆育种材料的半栽培种质,与栽培种质亲缘关系比较近。第二亚组包括收集到的所有栽培种质。通过对比分析,形态学和分子标记聚类结果基本一致。由于本实验所收集种质种类和数目较多,并用SSR标记技术在分子水平上进行亲缘关系分析,这对今后茄子种质资源在遗传和育种研究中的应用具有重要的意义。