推动有机栽培农法不但可以维护环境生态的稳定与和谐外，尚可确保粮食生产安全。由于栽培制度的改变，近年来有机栽培田常出现的作物病害有：白菜炭疽病(Cruciferousvegetable anthracnose)、莴苣褐斑病(Acremonium brownspot oflettuce)、莴苣萎凋病(Fusarium wilt of lettuce)、苋菜叶斑病(Rhizoctonia leaf spot of amaranth)、蔬菜幼苗立枯病(Rhizoctoniablight of vegetable)及白绢病(southern blight)等等。有机农作物的病害管理观念，是以『共存』作为防治策略的执行准则，因此在整个有机农业生态体系中，均应确认农作物、植物病原、媒介者、拮抗微生物、天敌及环境等因子是它固有的基本成员，是故作物病害的管理系统须先厘定作物经济损失门坎(Economic loss threshold)，进而以病原的生态特性及传染病学作为研提防治策略的基础，设计病害预测模式外，并且执行合理化、多元化的病害防治技术，才能有效达成管理作物病害的目标。管理有机农作物病害的主要手段，即是(一)降低病原的最初接种源(initial inoculum)与(二)降低病原的传播与感染速率。归言之，有机作物病害的管理技术须优先严格执行法规防治(拒病)外，尚须全盘掌握整个农业环境与明了农作物与病原的各种生态特性，有效融入各种病害防治法，才可达到防治作物病害的效益。执行病害管理的过程尤应适时、适地，且合乎经济与生态法则的采纳作物轮栽制、选择适当的种植时间与地点、注重田间卫生管理、加强种子处理、培育健康种苗、采用抗病根砧及施用生物制剂与有机添加物等技术。