猪苓为名贵药用真菌，其菌核具有利水、渗湿之功效为我国药典所收录。猪苓广泛分布于中国、日本、韩国及北半球的温带地区。不同地域的猪苓其遗传背景是否有差异当前并不明确。本文欲对不同产地的猪苓进行遗传背景分析，明确猪苓种内遗传多样性与其地理分布的相关性。我们共采集到我国12个省42个地区的猪苓菌核，分析比对nrDNA ITS和28S rRNA (LSU)序列。结果表明，不同地域的猪苓其ITS和LSU序列存在显著性差异；基于ITS、LSU以及ITS+LSU的分子系统进化树发现我国的猪苓可以分为4个大的类群；其中类群Ⅰ为最大的类群，包含多个地域的猪苓；类群Ⅱ和Ⅲ分别为青海省和东北三省的猪苓；类群Ⅳ为陕西省特定地域的猪苓；分别在5个和7个产地的猪苓中发现ITS和LSU序列的非单一性；分子变量分析(AMOVA)表明分布于陕西、甘肃、河南的猪苓与其它产地的猪苓相比具有显著地遗传分化；ITS和LSU序列的多态性暗示陕西、甘肃、河南三省可能作为猪苓的起源演化中心。据此结果我们认为上述三省的猪苓为重要的遗传多相关性资源而应相应地加以保护。