液相色谱-质谱联用(LC-MS)在代谢组学中起着至关重要的作用,近年来,随着代谢组学的发展和质谱在代谢组学的应用,非数据依赖型采集(DIA)方法的使用和研究也越来越广泛。由于DIA方法在数据采集时不依赖于检测到的代谢物的丰度,而是对所有检测到的代谢物在一定的质荷比的窗口下进行碎裂并检测其二级谱图,这样一方面可以获取完整的代谢物信息,覆盖面更广,增加了数据的完整性,另一方面也因为数据采集时缺少了一级质谱跟二级质谱的关联性,增加了数据处理的复杂度。虽然在蛋白组学里,DIA方法的数据处理已有先例,但由于小分子代谢物在质谱中的复杂性,这些处理方法并不完全适用,因而开发针对代谢组学的IDA采集数据的处理流程的意义便凸现出来。在此,我们针对SWATH(Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ions)方法采集的DIA数据,创建了靶向提取代谢物二级谱图的MetDIA方法方法,将现有代谢物数据库中的每一个代谢物作为目标,从采集的数据中检测并提取一级和二级谱图信息,通过对所提取的信息进行打分,从而鉴定该代谢物是否在数据中被采集到。为了验证此方法的可靠性,我们利用13C对生物样本进行标记,发现在我们目前的检测和打分体系下,假阳性率低于1％；通过对比DIA和DDA(数据依赖型采集)数据的代谢物鉴定结果,该方法检测到的代谢物数量明显有所增加,因而,此方法具有很好的可靠性和灵敏度。除此之外,我们在此基础上进一步创建了非靶向提取代谢物二级谱图的DIA-MS Analyzer方法,利用质谱检测时检测到的多重二级谱图与现有的代谢物二级谱图数据库进行映射,从而对检测到的每一个色谱峰进行代谢物的鉴定。