【摘 要】
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Public sequence databases provide a rapid,simple and cost-effective source of microsat- cllite markers.We analyzed 1.532 bamboo (Phyllo- stachys pubescens) sequences available in public domain DNA dat
【机 构】
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Key Lab for Modern Silvicultural Technology of Zhejiang Province. Zhejiang Forestry University, 3113
【出 处】
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中国林学会竹子分会四届四次全委会暨第六届中国竹业学术大会
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Public sequence databases provide a rapid,simple and cost-effective source of microsat- cllite markers.We analyzed 1.532 bamboo (Phyllo- stachys pubescens) sequences available in public domain DNA databases,and found 3.241 simple sequence repeat (SSR) loci comprising repeats of two or more nucleotides in 920 genomic survey sequences (GSS) and 68 cDNA sequences.This corresponded to one SSR per 336 bp of GSS DNA and one SSR per 363 bp of cDNA.The SSRs consisted of 76.6 and 74.5% dinucleotide repeats,20.0 and 22.3% trinu- cleotide repeats,and 3.4 and 3.2% higher-number repeats in the GSS DNA and cDNA sequences.respectively.The repeat motif AG/CT (or GA/TC) was the most abundant.Nineteen microsatellite markers were developed from Class Ⅰand Class Ⅱ SSRs.showing that the limited polymorphism in Ph.pubescens Cultivars and provenances could be attri- uted to clonal propagation of the bamboo plant.The transferability of the microsatellites reached 75.3%,and the polymorphism of loci successfully transferred was 66.7% for six additional Phyllostachys species Microsatellite PBM014 transferred successfully tO all six species,showed rich polymorphism,and could serve as species-specifiC alleles for the identification of Phyllostachys interspecies hybrids.
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