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中药是多种化学成分组成的复杂的集合体，对于中药的质量控制一直是一个难点，多基原药材使得中药质量控制更加复杂化.近年来，中药指纹图谱的建立比较全面地反映了中药化学成分的差异，有力地促进了中药质量控制的发展和内在质量的评价.自2000年8月国家药品监督管理局颁发《中药注射剂指纹图谱研究的技术要求(暂行)》(国药管注[2000]348号)以来，中药指纹图谱的研究取得了较大的进展，包括TLC、TLCS、HPLC、LC-MS、GC、GC-MS、HPCE、UV、IR、NMR、X-射线衍射以及DNA分子等技术与方法均有用于中药指纹图谱的研究.本实验基于对3个基原不同产地21个莪术药材样品的GCMS指纹图谱的研究，探讨了多基原中药指纹图谱研究存在的问题，并尝试寻找可行的解决方法.