对于棉花种植业，要强化基础研究，提高棉花的原始创新能力，深入开展棉花基因组测序计划，利用功能基因组学、蛋白组学等手段，继续挖掘利用高产、抗病基因，培育转基因抗逆高产棉花新品种。强化关键技术研究，支撑现代植棉业发展，进一步扩大麦后移栽、麦后直播推广面积，提高复种指数;合理利用我国盐碱地资源，加大盐碱地植棉技术研发;大力研发我国棉区全程机械化技术，实现“快乐植棉”;大力研发“千斤棉”集成配套栽培技术，大幅度提高棉花单产。 以企业为主导，产学研用相结合是棉花新品种产业化的有效途径，并坚持体制和机制创新，实行“大联合、大结合和大发展战略”，有力促进我国棉花种业的大发展。一是与产业化基地示范工程项目、高产创建活动、优质棉花基地建设等项目相结合，增加资金投入。二是优势种业企业和优势纺织龙头企业相结合，促进订单生产。三是与科研、农技推广部门相结合，利用新成果，配套高产高效技术路线。四是与专业合作组织相结合，提高良种普及率和先进技术到位率，从而使棉花新品种中试、推广产业化取得重大进展。