目的：本研究旨在了解广西部分地区2012年9月份到次年1月份的仔猪病毒性腹泻的病原流行及分布情况,为做好仔猪腹泻防控提供统计信息.方法：采用RT-PCR方法对采自不同时间不同地区猪场的120份仔猪腹泻肠道病料进行4种腹泻病毒的检测,并对部分阳性PCR产物进行测序分析,绘制病毒基因的遗传进化树.结果：总样品PEDV阳性率为50.83％,PKV阳性率为24.16％,PEDV与PKV混合感染率为24.16％,PKV单独感染率为0％,TGEV和PoRV均为阴性；不同时间段猪场PEDV和PKV的感染率有所不同,从9月到12月,PEDV的感染率不断上升,PKV的感染率有所起伏.对6条PEDV和8条PKV阳性PCR产物测序,其核苷酸同源性分别为94.3％～99.6％及86.3％～96.7％.将获得的6条PEDV M基因片段和8条PKV 3D基因片段与GenBank上发表的国内外参考株PEDV M基因和参考株PKV全基因进行比对分析,发现PEDV M基因片段(GXGG1、GXGG2、GXGG3、GXGG4、GXYL)与PEDV标准株CV777、日本JMe2株、韩国chinju99 (2006)及国内的地方株:LZC(2006)、SiC2(四川2011)、ZJ_2011(浙江)、BJ_2012(北京)、HB_2012_4(湖北)、TJNH_2012(天津)位于同一分支内,另外一条PEDV M基因(GXBB)位于另一分支；发现PKV 3D基因片段(GXGG5和GXGG7)位于另一分支,其余6条位于另一分支,与参考株的亲缘关系也有所不同.结论：从2012年9月至次年1月,致使广西部分地区仔猪腹泻的病毒主要为PEDV,各市感染程度不同,随时间推移,感染程度加重；PKV尚无单独感染情况发生,与PEDV混合感染且阳性率较高,值得进一步研究.