目标：实证研究药品加价率下降后，医院经济运行及医药费用的变化，并提出实行药品零差率相关补偿政策。资料与方法：对本市医疗机构2003-2008年财务报表数据(含复旦附属医疗机构)进行定量分析。结果：实证研究表明，在实行2006年的控制药品加价率政策下，我市医疗机构的药品加价率已从33％的水平显著下降至17％;药品收入仍然是医疗机构主要的收入来源;随着药品收支结余的减少，有37％的医疗机构出现了亏损;医药费用并没有因药品加价率的降低而节省;若实行药品零差率政策，我市所有医疗机构所需补偿约30亿元/年;经测算，不同补偿渠道的补偿结果将会对患者医药费用产生不同影响。建议：实行药品零差率后的补偿模式应为综合补偿模式，通过政府财政出一点、医疗保险分担一点、药事服务收费补一点和医疗服务价格调一点，建立医疗机构主动合理控制药品费用的长效机制，既维护医院的正常运行，又减轻患者的就医经济负担。