为了探讨小麦CMS与叶绿体DNA (cpDNA)的关系,揭示CMS机理。以两套K、V、T型同核异质不育系(A)、保持系(B)太911289和冀5418、育性恢复的F1和各自的质供体粘果山羊草(Aegilops kotschyi)、偏凸山羊草(Aegilops ventricosa)、提莫菲维小麦(Triticum timopheevii)为试验材料,利用cpSSR引物对小麦cpDNA进行比较分析。并筛选出代表不同胞质不育系的引物,探讨CMS与叶绿体的关系,为小麦K、V、T雄性不育类型的应用提供理论依据。结果表明：(1)发现在cpDNA组织结构上K型、V型、T型不育系与保持系之间均呈现差异,且不同的细胞质之间有各自的差异片段,这从DNA水平上提供了三类不育系胞质来源不同的证据。(2)除K冀5418与其胞质供体的cpDNA出现差异外,其他不育系与其胞质供体的cpDNA没有差异,而且不育系与其育性恢复的F1代cpSSR扩增片段之间也没有差异,很好的遗传了其母本性状。分别筛选出5对和7对鉴定V型和T型不育系的分子标记。由此可知,恢复基因并没有对不育系叶绿体DNA产生影响,但是否恢复基因间接影响叶绿体的基因表达或者其他生理性状从而导致CMS,还有待进一步研究。