玉米是世界三大粮食作物之一,也是我国重要的粮食、经济和饲料作物。玉米锈病是玉米上常见的病害之一,根据引发玉米锈病的症状类型和病原菌不同可以把玉米锈病分为:玉米普通型锈病(病原为:Puccinia sorghi Schw)、玉米南方型锈病(病原为Puccinia polysora Unedrw)、玉米热带型锈病[病原为Physoplla zeae (mains) Cummins and Pamaxhar]和玉米秆锈病(病原为Puccinia giaminis Pers) 4种。本文通过症状观察、病原形态鉴定、ITS序列、玉米多堆柄锈菌与玉米柄锈菌两种不同锈菌的特异分子标记分析采集自云南东部地区的270份玉米锈病样品,结果表明采集自云南曲靖、昭通、昆明、玉溪和红河弥勒、开远、建水等地区采集的180份玉米锈病均为由玉米柄锈菌引起的玉米普通锈病,红河屏边和文山两个地区采集的90份玉米锈病均为由玉米多堆柄锈菌侵染引起的南方型锈病;而且通过分析和比较两种锈菌的夏孢子形态和长宽比发现,玉米多堆柄锈菌的夏孢子多为椭圆形,长宽比>1.2以上的夏孢子占总孢子数81.6%,玉米柄锈菌的夏孢子多近圆形,其长宽比在1.0～1.3。另外,本文利用ISSR分子标记分析了锈菌的群体遗传结构。结果表明:采集自文山地区的玉米多堆锈菌遗传多样性较红河丰富;采集自昭通的玉米柄锈菌的群体遗传多样性最丰富,采集自昆明的玉米柄锈菌群体遗传多样性最低。