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背景高苯丙氨酸血症（hyperphenyialanirlemia,HPA）是由于苯丙氨酸代谢途径中酶缺陷所致的较常见的常染色体隐性遗传病,根据缺陷酶的不同,HPA可分为苯丙酮尿症（phenylketonuria,PKU）和四氢生物喋呤缺乏症（tetrahydrobiopterin deficiency,BH4D）,二者在疾病的严重程度、治疗方法及预后都截然不同。传统的鉴别诊断方法存在检测周期长、患儿依从性差且检测结果易受外界因素影响等问题。故基因诊断不但是确诊本病的主要手段,也是治疗选择和产前诊断的依据。二代测序技术的出现,使基于代谢通路的多基因检测成为可能。目的本研究应用基于Ion Torrent PGM平台的二代测序技术,同时检测苯丙氨酸代谢过程中5个关键酶的编码基因序列（PAH、GCH1、PCBD1、PTS和QDPR）,评价该技术在HPA分子诊断中的应用。方法随机选取50例在首都儿科研究所遗传室进行分子诊断的HPA患儿,提取基因组DNA。通过AmpliseqTM多重PCR的方法扩增PAH、GCH1、PTS、QDPR和PCBD1基因的非翻译区（UTR）和编码区（CDS）以及外显子与内含子的交界区域,经ion OneTouchTM系统富集扩增子,上样于314芯片和316芯片。最后应用lon Torrent PGM测序仪对目标区域进行检测。所得数据采用Torrent Suite v3.6.2软件包进行分析处理。所有变异位点经Sanger测序验证后,通过与多个数据库进行比对明确其性质。结果 2张314芯片和1张316芯片数据输出量分别为51.3Mb、57.9Mb和473.1.Mb。平均96.6%的读长位于目标区域,平均覆盖深度为680X。Ion Torrent PGM共检测到变异位点89个（每个变异位点可能存在于多个样本中）,经数据库检索和Sanger验证34个为多态位点,4个为假阳性位点,51个为致病突变。致病突变包括错义、无义、插入/缺失和剪接位点的突变,其中44个不同致病突变位于PAH基因,8个位于PTS基因,1个位于QDPR基因。50例患儿中48例（96%）患儿得到了完整的分子诊断,其中3例经传统鉴别诊断为BH4D的患儿最终发现致病基因实为PAH,1例鉴别诊断为经典PKU的患儿致病基因实则为QDPR。位于PAH基因的125fsX13突变尚未见报道。结论与常规Sanger测序技术相比,Ion Torrent技术从代谢通路层面筛查高苯丙氨酸血症的相关基因变异,可以满足个体化诊断和治疗的医疗需求。