海洋放线菌作为微生物药物新来源正日益被重视。近年来，已报道了一些来自海洋的放线菌新属、新种，这些新属、新种产生了结构新颖的生物活性次级代谢产物。本研究分别采用选择性分离培养和非培养的分子生物学的方法对6份来自智利南部海域不同地理环境、不同海洋深度的海洋沉积物样品进行放线菌多样性分析。从6种用人造海水配制的选择性分离培养基上一共得到三百多株来源于智利海洋沉积物的放线菌，从SC，SM3和RH培养基上挑取的放线菌数目明显多于其他的培养基。检测了195株形态特征类似小单孢菌的放线菌生长对海水的需求，结果其中47株放线菌只在海水配制的燕麦培养基中才能生长，在自来水配制的燕麦培养基中不能生长，具有海洋放线菌的特性。这47株放线菌约50％菌种能够产生抗革兰氏阳性细菌的活性化合物。对63株不同培养特征的菌种进行16S rRNA基因序列相似性比对，结果显示这些菌株绝大部分归属于Micromonospora(53株)，其他的分别属于Polymorphospora(1株)、Streptomyces(3株)、Dietzia(4株)、Aeromicrobium(1株)和Brachybacterium(1株)。53株智利海泥小单孢菌与已知相关小单孢菌模式菌株16SrRNA基因进行系统发育分析，这些小单孢菌呈现菌种的多样性，在16S rRNA基因序列系统进化树上形成的11个不同的独立的进化分支，代表11个不同的进化类群。分析表明3个进化群是小单孢菌属新种，还有4个进化群是小单孢菌属的潜在新种。用槽式PCR的方法扩增从海洋沉积物提取的核酸样品，扩增产物(640bp)转化大肠杆菌。测定了60个克隆的插入序列并进行比对。结果表明智利海洋沉积物的样品中富含未被培养的放线菌，仅15％的克隆属于放线菌目的Rhodococcus，Dietzia，Verrucosispora，Dermabacter和Micrococcus。结果提示智利海泥富含放线菌及其次级代谢产物。