百日咳是一种主要引起小儿持续咳嗽甚至死亡的传染病,它是由百日咳杆菌通过患者飞沫传播的。虽然百日咳全细胞和无细胞疫苗的普及和推广,但现在百日咳发病率仍然上升。2003年Sanger中心完成了对百日咳杆菌基因组的测序为从全蛋白质组学的角度分析蛋白质相互作用网络提供了可能。本文通过整合四种比较流行的计算方法(基因融合方法,基因邻居方法,系统发生谱方法和操纵子方法)并融合了功能基因组信息和芯片数据,构建了百日咳杆菌生命周期中三个Bvg+,Bvg-和Bvg-intermediate相特异的蛋白质蛋白质相互作用网络图,第一次在蛋白质相互作用水平上对三者的相同之处和差异进行了分析。我们还根据蛋白质的相互作用网络以及功能分类,预测了几十个未知蛋白质可能的功能。该工作不仅为进一步研究百日咳杆菌独特的生命周期提供了实验依据,也为在基因组范围内应用生物信息学方法研究微生物提供了一个实例。