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在成功建立苜蓿基因组SSR和ISSR分析方法的基础上,筛选出8个SSR引物和12个ISSR随机引物,通过PCR扩增在55个国内外苜蓿品种(系)中获得了120多条多态性位点.利用SSR和ISSR两种分子标记方法和田间实验对55个苜蓿品种(系)的DNA指纹图谱和遗传多样性进行了研究.在对中国主要苜蓿地方品种和引进品种的SSR和ISSR指纹图谱分析中发现,可以通过3-6个随机引物鉴别我国主要苜蓿品种和引进品种.用于苜蓿品种鉴定和种子纯度鉴定.依据SSR和ISSR两种分子标记计算55个苜蓿品种的遗传距离,并进行了聚类分析.