我国蕴藏着丰富的盐环境资源,东、南部沿海建设有上百家海水盐场,中西部地区分布着近千个内陆盐湖、盐矿和盐井,这些不同起源的盐环境蕴藏的多样性嗜盐古菌,形成了独特的种群组成与群落结构,是开展嗜盐古菌理论与应用研究的珍贵资源。采用基于环境DNA的宏基因组高通量测序技术和基于小分子有机酸盐的低营养培养技术,研究不同盐环境中嗜盐古菌种群分布与群落构成,比较不同盐环境嗜盐古菌的生物学特性：运用基于现代质谱分析技术的化学分类法和基于多基因分析的系统分类法,比较嗜盐古菌不同种属水平的极性脂组成,推断嗜盐古菌系统演化关系。截至2015年7月底,嗜盐菌纲包含50个属、206个种,其中,52％的物种分离自海洋盐环境,而48％的物种则来自内陆盐环境,表明海洋和内陆盐环境都蕴藏着丰富多样的嗜盐古菌类群。近年来,本课题组从不同盐环境分离数千株嗜盐古菌,描述了其中的11个属、54个种。这些嗜盐古菌资源可以应用于红色素、新型调味品以及食品工业酶制剂的开发研究。值得一提的是,近年发现的、盐环境中普遍存在的、尚不能培养的"纳米嗜盐古菌"(Nanohaloarchaea)可能今后嗜盐古菌资源研究领域的热点之一。