两岸关系的解冻虽始于1987年，但1949至1987年这段时期的两岸农业合作关系，其实一直未曾中断，此乃因部分农产品因气候水土的因素无法在台湾生产，必须自大陆进口，传统中医所用的中药材即为一例。1987年随着台湾开放探亲，两岸经贸活动开始活络起来，并逐渐扩及科技及学术等其他层面的交流，与农业有关的各种交流合作也不例外。根据1989年开始的两岸经贸统计，1989年台湾曾自大陆进口7500余万美元的农产品，占当年台湾农产品进口总值的1.2％；至于台湾出口到大陆的农产品，则在1992年才初次呈现11万美元的金额，不到当年台湾农产品出口总值的0.01％。但十余年后在去年(2005)，上述农产品进出口大陆的比例，已各自达到台湾农产品相关总值的6.07％及10.07％。 有鉴于此，本文将以加人WTO后两岸农业面临的机会与挑战为主题，进一步对相关问题作简要的分析。