2009年,我国推行新医改,提出要落实政府办医责任和破除"以药补医"的局面,将公立医院补偿由服务收费、药品加成收费和财政补助三个渠道改为服务收费和财政补助两个渠道。那么对合理的补偿机制的探索显得尤为重要。本文主要运用2005年到2011年的卫生统计数据,分析我国5级综合公立医院补偿机制的现状,证明政府投入、医疗收入、药品收入这三种补偿机制中,药品收入已成为我国公立医院赖以生存的经济基础,这严重损害了人民群众的利益,也使得公立医院的发展进入恶性循环;接着,通过对我国公立医院运营成本的分析和补偿水平分析,提出设立药事服务费、调整医疗服务价格、增加政府投入来合理补偿取消药品加成政策后的公立医院运营经费,同时,也要配套改革相关领域的弊病,这才能促使公立医院的发展回归正途,进而维护人民群众的根本利益。