目的巴斯德毕赤酵母是当今生物合成功能性哺乳动物蛋白质及多肽的首选表达体系,挑选整合数恰当的外源基因阳性整合子是实现外源基因稳定高效表达的关键环节之一。本文旨在探索一种巴斯德毕赤酵母表达体系外源基因整合的高通量定量分析方法。方法采用基因工程技术构建pPIC9K-HG质粒作为定量标准品,建立毕赤酵母基因组外源基因整合的高通量定量PCR分析方法,用灵敏度、特异性等对方法进行评价,将之初步用于hA20基因毕赤酵母转化子外源基因整合数的分析。同时对三种酵母基因组制备方法进行了比较。结果方法灵敏度达103拷贝,线性范围在104-109,平均变异系数6.62%,特异性100%。14株hA20基因毕赤酵母转化子外源基因整合数分析显示,成功收获外源基因整合数为单拷贝、3拷贝、4拷贝、5拷贝、15拷贝的阳性转化子。酵母基因组制各经典法、煮沸法和酶法阳性率分别为85.71%、28.57%和85.71%。经X2检验证实,酶法与经典法相比提取酵母基因组的效率一致(P>0.05);煮沸法与经典法相比提取酵母基因组的效率存在显著性差异(P<0.05)。结论成功建立了巴斯德毕赤酵母基因组外源基因整合高通量定量分析方法,方法学评价指标满意,可广泛用于不同外源基因整合之阳性菌株的大批量分析。酶法制备酵母基因组具有可靠、简单、迅速等优点,适合大规模提取酵母基因组。