【摘 要】
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本文应用新一代高通量测序技术(Illumina RNA-seq)构建了亚硝酸盐应激下凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)的转录组学数据库。经过筛选和组装,获得了42,336条unigenes,平均长
【机 构】
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华南师范大学生命科学学院广东省水产健康安全养殖重点实验室生态与环境科学广东普通高校重点实验室;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(30671628和31100296);中国博士后科学基金项目(2012M511829);广东省自然科学基金项目(S2011020003)
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本文应用新一代高通量测序技术(Illumina RNA-seq)构建了亚硝酸盐应激下凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)的转录组学数据库。经过筛选和组装,获得了42,336条unigenes,平均长度为561bp,N50为736bp。利用BLAST和BLAST2GO软件对这些从头组装的unigenes进行注释。用NCBI蛋白质数据库(Nr),NCBI非冗余核苷酸数据库(Nr),基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库做参考,共注释23,532条转录本。根据转录组信息,筛选出了与免疫代谢和凋亡通路相关的基因。QPCR验证结果表明,选取的10个与免疫和凋亡相关的基因(caspase-9、Hsp27、NOD、NADPH oxidase、MDM4、TSAP6、TRAF6、PIRDH2、cytochrome C和SPI)都在应激后表达量显著上升,推测这些基因可能参与了亚硝酸盐应激的响应过程。本研究结果概述了凡纳滨对虾的转录组学特征,并为揭示亚硝酸盐应激的响应机制提供了大量的基因信息。
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