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近年来，基于结核分枝杆菌己有的基因组数据，采用系统生物学的方法和思路，初步完成了结核分枝杆菌的全局性蛋白质-蛋白质以及蛋白质-DNA相互作用网络构建，发现和鉴定了一批重要的功能基因，为进一步系统研究结核分枝杆菌的基因功能，为发现潜在药物靶标奠定基础。(1)建立和完善了研究微生物蛋白质互作技术体系，并在不同微生物中获得成功应用，发现了DNA复制和转录调控新机制。(2)在国际上率先构建完成了第一个非计算机预测的结核分枝杆菌全局性蛋白质互作网络，鉴定了结核分枝杆菌的毒素-抗毒素蛋白的新功能，发现了病原菌潜伏和生长调控的新机制。(3)创建了结核杆菌转录调控研究平台，发现了关键调控因子及其靶调控的基因。(4)绘制了结核分枝杆菌全局性转录调控网络，发现了结核杆菌的耐药突变调控机制以及抗氧化能力。