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伴随着宏基因组测序技术和基因芯片技术的纵深发展，环境微生物基因组学从单纯分析单种微生物的全基因组发展到对某个特殊生态环境中的微生物群落结构的全面分析，极大地推进了人们对环境微生物群落结构及其生态功能特点的认识，也为人们更充分地利用和发挥环境微生物的功能活性，加速污染环境的治理和修复提供了重要的理论基础。本文就近年来环境微生物基因组学研究的进展情况及其在污染物治理方面的应用进行综述，并对其研究趋势及在环境污染治理中的应用潜力进行展望，以期更好地促进环境微生物基因组学研究与环境污染治理应用实践的有机结合，为环境污染生物治理技术的发展提供有益的参考。