【摘 要】
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目的：生长发育迟缓是一类表型异质性高的疾病,大量病例难以通过表型进行明确诊断.基于高通量测序的分子诊断方法对发育迟缓相关基因进行测序,可以发现患者所携带的突变,确
【机 构】
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上海交通大学医学院附属新华医院,上海市儿科医学研究所
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目的：生长发育迟缓是一类表型异质性高的疾病,大量病例难以通过表型进行明确诊断.基于高通量测序的分子诊断方法对发育迟缓相关基因进行测序,可以发现患者所携带的突变,确定患者所患疾病.本研究利用高通量测序方法对发育迟缓病例进行检测,同时评估方法的有效性和可操作性,为临床开展此服务打下基础.方法：20例患者用已知遗传疾病设计的基因panel进行捕获测序,7例(另有4个父母样本)患者采用外显组测序.产生的变异列表经过2步筛选(1.筛除1000 Genomes、ExAC、EVS及内部数据库中的高频变异；2.筛选无义/剪切位点/错义/移码变异),生成候选变异列表,比对表型,验证,发现病例的致病基因.结果：两步筛选后,基因panel分别剩约850/150个变异；外显组分别剩约2100/400个变异.加上父母信息,按常染色体隐性比较,需查找～10个基因；按常染色体显性比较：新发变异＜5,遗传自父母一方的变异～ 150.利用此方法基因panel检出11例病例的致病突变；全外显组测序找出3例病例的致病突变,总检出率为～ 50％.结论：临床诊断需识别已知致病基因上的突变,基因panel和外显组测序的检测效果类似.但是外显组测序通用性高,可以扩展需要查看的基因,虽然仅对单个病例外显组测序产生的数据量大,可操作性不高,如果同时对核心家系进行检测,可以极大的减少工作量,有临床可行性.
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