【摘 要】
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目的 取马兜铃酸-Ⅰ (AA-Ⅰ)致比格犬亚急性肝炎性损伤组织,经microRNAs芯片,qRT-PCR分析.对所获6个显著差异表达miRNAs进一步进行邻近靶基因预测,以获取基于microRNA簇的转录后网络调控生物信息,指导进一步分子生物学深入研究.方法 (1)通过对miRBase数据库(http.//mirbase.org/)的检索,找出所有跨度小于40 kb的microRNA簇,以与mic
【机 构】
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浙江大学医学院附属第一医院 传染病诊治国家重点实验室,浙江杭州310003 浙江大学药学院心脑血管
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目的 取马兜铃酸-Ⅰ (AA-Ⅰ)致比格犬亚急性肝炎性损伤组织,经microRNAs芯片,qRT-PCR分析.对所获6个显著差异表达miRNAs进一步进行邻近靶基因预测,以获取基于microRNA簇的转录后网络调控生物信息,指导进一步分子生物学深入研究.方法 (1)通过对miRBase数据库(http.//mirbase.org/)的检索,找出所有跨度小于40 kb的microRNA簇,以与microRNA芯片结果进行比较.除了簇中表达发生变化的microRNAs,其他邻近的microRNAs也经挑选进行qRT-PCR,以验证其差异表达谱.qRT-PCR结果使用不配对Mann Whitney检验法进行统计分析,P＜0.05代表差异显著.(2)采用TargetScan(www.targetscan, org)和miRDB(www.mirdb, org)预测不同microRNAs的靶基因,两种软件预测结果相互交叉的部分被导入DAVID(http.//david.abcc.ncifcrf, gov),以分析其可能影响的KEGG代谢通路(www.genome, jp/kegg).代谢通路的预测结果由Fisher精确检验进行统计分析,通过对落在代谢通路中的靶基因数目和该代谢通路中已知的基因数目进行检验实现.结果 (1) qRT-PCR结果表明,miRBase数据库所获包含cfa-let-7a-1/cfa-let-7b,cfa-miR-362/cfa-miR-502/cfa-miR-660这两个microRNA簇分别出现表达一致变化.而在另一个microRNA簇中,cfa-miR-27a-cfa-miR-24表达呈上调,但cfa-miR-181d的表达却呈下调,这可能是由于后者位于染色体的另一条链上.(2)预测发现3个microRNA簇与细胞凋亡、免疫信号转导等生物学过程相关.其中MAPK信号通路同时受到cfa-miR-27a和cfamiR-200c两个microRNA的潜在调控,提示AA-Ⅰ致肝炎症时,参与细胞凋亡、免疫信号转导的重要的途径.结论 经TargetScan和miRDB预测及qRT-PCR论证,确定AA-Ⅰ对比格犬肝炎性损伤靶基因的3个microRNA簇,分别与细胞凋亡及免疫信号转导相关.
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