20世纪90年代末，为适应疾病模式的转变，我国的卫生防疫站和部分专病防治站(所)重组成疾病预防控制中心。但是从实质上讲，我国疾病控制机构的工作内涵及基本的运作模式与防疫站时期并没有太明显的变化，历史的惯性使当今的疾病控制机构仍难以独立快速地行使专业职能。比外，各级政府所属医院和疾病预防控制中心间没有任何业务沟通，且目前几乎所有的疾控机构开展工作时都是孤军奋战，均导致了疾病控制系统与临床医疗系统工作严重分离，且缺乏与其他领域工作合作的局面。 政府财政对疾病控制体系的投入政策导致机构的趋利行为。我国疾病预防控制体系存在的问题虽然体现在硬件建设的落后和投入的不足上，但更显著的是缺乏对疾病控制体系的工作绩效的衡量测算机制。 缺乏切实可行且有效地绩效评估手段和机制，导致疾病控制系统运作效率低下，因此，即使国家投入大量的经费用于改善其硬件环境，疾病控制体系效能的发挥也将受到极大的限制，并直接导致了其运作效率低下的问题。正是基于以上原因，研究提出应当完善对疾病控制服务领域内公共卫生服务的划分，明确政府职责，给予疾病控制机构与职能相对应的权利，提高控制力度及管理水平，建立健全疾病控制机构与其他相关组织与机构的合作机制，完善疾病控制机构的绩效评估工作，便于政府及社会对其工作效果的监督管理。就政府对疾病控制机构的财政补偿政策而言，应当规范政府对疾病控制财政支出的范围及力度，可以通过改变财政补助方式，改善疾病控制机构的工作效率。此外，还应当促进疾病预防控制机构成本核算的实施，切实理顺并管理好其财政运行机制。