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组蛋白去乙酰化酶 (HDAC)对基因的调控起着重要的作用，也是治疗癌症和其它疾病的较新靶点。HDAC抑制剂的开发是当今的热点，目前研究最多的组蛋白去乙酰化酶抑制剂是异羟肟酸类抑制剂。SB939(苯并咪唑类异羟肟酸抑制剂) 是酶抑制活性为nM级别目前在II期临床的HDAC抑制剂，被认为是同类化合物 (HDACi类抗癌药物) 中最好的化合物。我们首次对该类抑制剂进行结构活性关系研究，建立了偏最小二乘分析 (PLS) 模型(R2=0.905)，得到的模型具有较高的交叉验证系数(q2=0.778)，该模型对于随机选择的化合物组成的测试集有良好的预测能力。通过对模型中参数的分析，本实验室设计和合成了一系列新侧链的异羟肟酸类组蛋白去乙酰化酶抑制剂，都具有较好的活性。实验结果验证了该模型的可靠性。