目的:归纳总结超分子理论研究的现状,探讨中医药超分子形式及对中医药基础理论的影响. 方法:总结超分子理论研究现状,分析中医药可能的超分子形式,结合中医药学科基础理论与中药现代化的要求,阐述超分子理论在中医药现代化中的特殊作用. 结果：与传统的由原子间化学键构成的化学理论相比，超分子化学是以多种弱相互作用非共价键的分子间相互作用的化学，体现分子间宏观表观的化学属性，是诠释中医药理论最宜的微观物质理论。人体及中药成分分子可以自身或相互络合、复合、螯合、包合、中和、自组装及化学反应形成超分子物质；中医的经络脏腑可能是基于细胞内外的超分子印迹模板特有的分子空间的孔穴通道结构；机体内及中药成分分子与中医经络脏腑是通过超分子孔穴通道的印迹模板而相互作用。当机体内小分子与经络脏腑产生印迹作用时，相当于人体在心脏搏血的推动下，小分子物质在经络脏腑的印迹通道中按“超分子间作用层析”进行迁移，宏观表现出中医所述经络脏腑对小分子作用的各向异性，亦脏象；当中药成分分子与经络脏腑印迹通道产生作用时，宏观上表现出中药药性与药效规律。因此，中医药基础理论的特殊表达形式正是基于机体内各种分子群的印迹模板与经络脏腑的孔穴模板能否匹配性的“分子筛层析”作用规律的宏观表现。 结论：中医药的基础理论是基于机体超分子物质相互印迹作用规律的宏观表达，宜用超分子理论进行诠释；中药的物质基础是基于包括单分子在内的超分子群混合物，中药复方配伍能显著性地改变这一作用规律。在进行中医药基础理论研究时，应特别重视超分子的作用规律，这是中医药理论区别于基于单分子特征作用规律所建立的现代医学最为本质的地方。