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根结线虫是一类高度专化杂食性植物病原物，对农林、园艺等产业危害极大.穿刺巴斯德芽菌(Pasteuria penetrans)是一类产芽胞的革兰氏阳性菌，专性寄生于根结线虫，被认为是根结线虫最具潜力的生防因子；但该菌生长条件苛刻，体外纯培养技术尚未突破.本研究对来自南方根结线虫和爪哇根结线虫的穿刺巴斯德芽菌进行系统发育与多样性分析，结果显示，在16S rDNA和gyrB基因水平上，寄生于根结线虫的P.penetrans存在种内多样性，在sigE基因序列水平上未呈现种内多样性；不同基因型穿刺巴斯德芽菌在南方根结线虫和爪哇根结线虫间不具有明显的宿主特异性.