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实验小鼠来源于小家鼠,实验小鼠遗传学研究已经进入复杂性状研究阶段,而其遗传多样性缺乏,成为制约复杂性状研究的瓶颈。本研究分析了野生小家鼠 Mus.m.castaneus 自然群体遗传结构特征,探索了自然群体的遗传多样性,为野生小家鼠遗传资源利用提供了基础。野生小家鼠样本采自上海地区5个不同区县。采样距离相隔15～50公里,研究内容包括: (1)应用荧光-构象敏感凝胶电泳(F—CSGE)SNP 发现技术与 DNA 测序技术,筛查上海地区小家鼠线粒体编码区单核苷酸多态性分子标记(mtSNPs);(2)应用 LDR 分型技术对自然群体 112只小家鼠 mtSNPs 进行基因分型;(3)应用荧光 PCR 技术对野生小家鼠5个核基因组 STR 进行分型研究。主要研究结果如下:利用 F-CSGE 在20个样本(4个地区,每个地区5只小家鼠)线粒体编码区基因组5kb 长度内发现 mtSNP 23个,平均约200bp 存在一个 mtSNP,其中新发现 mtSNP 15个。选择其中7个标签 SNP,发现其在群体中分布规律为:L350(T:82%,C:18%), L366(C:88%,T:12%),L543(A:92%,G:8%),L572(T:79%,C:21%),L716(T: 77%,A:23%),L953(T:89%,C:11%),L964(G:78%,A:22%)。其中,三个 mtSNP 位点 L572 C>T,L716 A>T 和 L964 A>G 的分布规律存在地域差异。上海地区小家鼠祖先单倍型,H5 单倍型(TCATTTG)和日本小家鼠亚种 Mus.m.molossinus 相同(TCATTTG),而与欧洲小家鼠亚种 Mus.m.domesticus(TCATATG)不同。常染色体 STR 和 mtSNPs 均表明上海地区小家鼠群体遗传分化较大。基于 STR 数据构建的群体系统进化树表明松江小家鼠群体早于其它地区分化出独立一支:mtSNPs 数据则表明崇明岛小家鼠群体和上海大陆地区群体存在不同的母系祖先,表现山隔离群体特点。总之,上海小家鼠 Mus.m.castaneus 群体遗传多样性丰富,不同群体间遗传距离和其地理分布距离成正相关,崇明岛群体为一相对隔离群体。现有实验小鼠主要来源于欧洲 Mus.M.musculus 亚种且遗传多样性极其缺乏,本研究表明小家鼠自然群体具有丰富的遗传多样性,将为复杂性状相关基因研究提供宝贵资源。