【摘 要】
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目的从引物设计的合理性、扩增片段的保守性、检出目的片段的敏感性等方面比较四对猴空泡病毒40(Simian vacuolaring virus 40,SV40)核酸检测引物之间的差异,为寻找保守性好
【机 构】
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中国医学科学院中国协和医科大学医学生物学研究所分子生物学研究室;
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目的从引物设计的合理性、扩增片段的保守性、检出目的片段的敏感性等方面比较四对猴空泡病毒40(Simian vacuolaring virus 40,SV40)核酸检测引物之间的差异,为寻找保守性好、稳定高效的SV40核酸序列检测法提供理论基础。方法以目前已知的23个不同SV40毒株完全基因组为基础数据, 用DNAMAN 6．0．40软件对四对引物及其扩增片的保守性进行分析;用clustalX1．83软件对23个SV40基因组序列进行多重序列对齐分析,用TreeView1．6．6软件构建系统进化树;用Oligo 6．71软件对八条引物的特性进行分析。结果对于接受号为DQ218418病毒株而言,四对引物的序列均不保守;对于接受号为J02400、 NC-001669、AF316139和AF316141的四个病毒株而言,引物对GCVp1和GCT的序列是保守的;对于除了 DQ218418之外的病毒株而言,引物对VP1的序列是保守的;对于除了DQ218418、AF180737之外的病毒株而言,引物对T的序列是保守的。结论目前通用的SV40核酸检测引物针对的SV40病毒株只有四个,本室合成的检测引物针对的病毒株有21个;本室设计的SV40检测引物和通用引物相比具有保守性好、适用性广、参数理想等优点;对于某些高度变异的毒株应单独进行引物设计。
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