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相对于20世纪60年代和80年代，长江口水域渔业生物优势种由大型的营养级较高的种类向小型营养级较低的种类演替，并且小型甲壳类的生物量增加。鱼类的种类数从1960年到2000年后迅速下降，但是2004年以后，鱼类的种类数有小幅度的回升。春季长江口及其邻近水域生物健康度从1960年到1999年急剧下降，1999年到2004年有所恢复，达到7.68，从2004年到2011年又急剧下降，仅为2.83。长江口生态系统结构与功能正由复杂转向简单、从高级跌向低级，渔业生物健康度降低。