菊苣(CichoriumintybusL.)为药食两用植物,也是良好的饲用牧草。采用高通量测序技术进行菊苣叶绿体全基因组测序,通过组装、拼接得到叶绿体基因组全长,并对其组成及系统发育进行分析,旨在丰富菊苣的遗传信息,为研究菊苣的谱系地理和菊苣属植物间的系统进化及亲缘关系提供理论依据。选取种植于青海省西宁市青海省农林科学院试验地内长势良好的菊苣品种‘Hera’,选取新鲜叶片,经过液氮速冻后提取RNA,采用Illumina Hiseq 2500(北京百迈客生物科技有限公司)进行测序。利用SPAdes v3.6.2进行序列拼接,用Gapcloser和GapFiller进行Gap测定,用GENEIOUS R9软件对基因进行注释,根据起始密码子和终止密码子调整基因的相应位置。得到的序列信息和注释结果提交至GeneBank,序列号为MK569377。将GeneBank格式的序列文件上传到OGDRAW,标清叶绿体基因组的IR、LSC和SSC位置。菊苣叶绿体双链环状DNA长152 975 bp,其叶绿体基因组包括1个反向重复区(IRs,50 038 bp)、1个小的单拷贝区(SSC,18 561 bp)和1个大的单拷贝区(LSC,84 376 bp)。叶绿体基因组注释结果表明,菊苣叶绿体基因组包括127个功能基因,包括74个蛋白编码基因、29个tRNA基因和24个r RNA基因。在这些基因中,18个基因(7个蛋白编码基因、7个tRNA基因和4个r RNA基因)在反向重复区重复。此外研究发现15个蛋白编码基因含有1个内含子,另外两个基因(ycf3和clpP)有2个内含子,叶绿体基因组的GC含量为37.3%。从NCBI数据库选取13条叶绿体全基因组序列,其中包含12种菊科和1种茄科作物叶绿体序列,用MEGA7软件进行比对,通过Neighbour-joining对包含菊苣在内的叶绿体基因组进行聚类分析,菊苣与Chrysanthemumboreale、Artemisia frigida聚为一类。