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以牛血清白蛋白(BSA)的酶解肽段为分析对象，以微流液相色谱-电喷雾离子阱质谱为分析手段，探讨了3D离子阱质谱仪目标质量数(targetmass)和阱深(trap drive)两个参数对分析鉴定BSA影响。重点考察了BSA酶解肽段在不同目标质量数300、600、900、1200和不同阱深50％、100％、150％，200％下对肽段母离子和子离子分布的影响，呈现近似正态分布。质谱数据经过Mascot检索后，发现BSA在目标质量数900和阱深100％下有较高的蛋白覆盖率，非冗余肽段个数，非冗余谱图数。并将此方法成功应用到大肠杆菌过表达氨基脲敏感胺氧化酶(Semicarbazide-sensitive amine oxidase，SSAO)蛋白的鉴定，提高了SSAO蛋白的覆盖率。