詹姆斯作为一名医学博士、一位解剖学教授和《心理学原理》的作者，同时也作为一个极富洞见并持之以恒的批判家，他很早就意识到了现代科学的知识成就和科学方法的力量并日益正确地用于增进人类知识。然而，在肯定科学进步性的同时，他也深刻地洞见了现代科学的哲学预设的根本缺陷。詹姆斯认为，现代科学提出了这样一种实在观，它建立在一系列有限的抽象基础上，而这些抽象对特殊的目的来说又是十分重要的。(现代)科学家更感兴趣的是实在而非它的各个方面。但是，除了其形式的方面以外，还有实在的“内容”：即事物之内在的本质。而且，除了属性的方面以外，还有非属性的方面：自然的那些个人的选择造成了现实差异的方面。科学只提供了一半的真理，全面的真理包括了科学真理，但又不局限于它。并且，将科学运用到整个心理生活时，即使理性主义能够应用逻辑证明意图改变个人的信仰，但是倘若个人存在未能言明的直觉反对理性主义的结论，那么，理性主义仍不能说服个人，也就正因此，理性主义对于建立信仰的力量是卑微的。