近年来，消化道肿瘤的治疗取得了长足的进展，但在不同病人间也存在着显著的疗效和毒副作用的差异。除了环境等因素外，不同个体的基因组差异是造成疗效和毒副作用差异的主要因素。消化道恶性肿瘤治疗方法的发展将很大程度取决于药物基因组学的研究与应用。 本文对消化道肿瘤的分子分型的方法和种类归纳为：DNA水平:检测单核苷酸多态性或拷贝数变异,DAN甲基化，DNA序列分析比较基因组杂交等；RNA水平:基因表达谱分析、MicroRNA，RNAi等；组织水平:基于组织或组织芯片的分子病理学；其他还有蛋白、抗体检测或蛋白芯片方法，讨论了分子分型与个性化治疗，恶性肿瘤个体生物学行为的预测是临床医生的迫切需求，也是未来分子诊断病理学面临的挑战，基于组织与组织芯片技术的恶性肿瘤预测病理学指导个性化治疗、预测预后成为当今研究的热点。