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mRNA前体(pre-mRNA)的可变剪接是控制基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制，是功能基因组时代的研究重点之一。生物信息学在识别可变剪接基因及其结构、分析可变剪接的功能和调控方式等方面具有举足轻重的作用。除了费时费力的实验研究，识别可变剪接基因及其结构可通过EsT、mRNA等转录数据与基因组序列进行比对，获得同一基因的不同结构方式。分析蛋白质产物可对可变剪接的功能进行预测：潜在调控元件的统计分析则可为可变剪接调控机制的研究提供必要的数据。转录数据的时空信息以及比较基因组学对理解可变剪接信息的精确调控将提供重要资料。可变剪接及其调控机制的深入研究将为基因组和蛋白质组之间的对接提供重要的桥梁。由此可见，真核生物基因功能多样性的贡献相当一部分来自于可变剪接。