【摘 要】
:
本次实验采用如皋鸡品种,分别在2,4,6,8,10,12周龄,屠宰6只雌性如皋母鸡采集腿肌样品。用HPLC方法分析肌苷酸含量。根据标准曲线测定样品IMP含量,结果使用SPSS16.0统计分析。部分腿肌样品进行RNA抽提和芯片杂交试验。芯片数据采用Gene Spring Software 11.5.1进行归一化处理,标准化后的数据筛选FC≥2的差异表达基因。基于KEGG数据库整合分析IMP代谢网络,
【机 构】
:
动物科学与技术学院,扬州大学,江苏扬州,225009 中国农业科学院家禽科学研究所,江苏扬州225
论文部分内容阅读
本次实验采用如皋鸡品种,分别在2,4,6,8,10,12周龄,屠宰6只雌性如皋母鸡采集腿肌样品。用HPLC方法分析肌苷酸含量。根据标准曲线测定样品IMP含量,结果使用SPSS16.0统计分析。部分腿肌样品进行RNA抽提和芯片杂交试验。芯片数据采用Gene Spring Software 11.5.1进行归一化处理,标准化后的数据筛选FC≥2的差异表达基因。基于KEGG数据库整合分析IMP代谢网络,使用Cytoscape 2.8.2对该网络进行初步的系统生物学分析。计算19个肌昔酸代谢直接相关基因与其他差异表达基因的pearson相关系数,并以≥0.9为筛选的标准获取与19个基因相关的探针。从NCBI批量下载全部共表达探针的序列。使用Blastx程序将批量获取序列与小鼠蛋白数据库进行比对。将比对结果中小鼠蛋白GI号转换为安捷伦的探针号,导人至Gene Spring中,利用Gene Spring中Pathway分析功能对探针进行Pathway分析。IMP测定结果表明,相比2周龄,4周龄显著升高,6周龄略微下降而后8周龄再次升高,10周龄时出现较为明显的下降,12周龄时又显著升高。IMP合成、利用和分解有直接相关的酶共有19个基因,共参与8个通路。将8个通路的图融合,经分析发现Nt5c3,Entpd8,Nme7,769958,Itpa,Hprt1,Rrml等基因的度合计超过了10。在FC≥2条件下筛选出的差异探针中计算19个基因的共表达探针。将这些共表达探针的序列与小鼠蛋白库比对获取小鼠对应基因的探针号,通过Genespring 11.5.1构建网络。选取度大于50的节点有:Fas, Srf,Plcgl ,Rasa1, Sparc ,Pakl。并进行对其进行GO和Pathway注释。
其他文献
本研究选用在相同的日粮水平以及相似饲养条件下高邮鸭和金定鸭种蛋随机置入同一孵化箱,在相同条件下同时孵化,分别于13,17,21,25,27胚龄时采集胸肌样品,称重后,置于液氮速冻,提取RIVA并反转录后备用;采用Real-time PCR分析MyoDl鸭早期发育过程中胸肌重的增长速度表现平稳,同时也表现明显的阶段性重幅度缓和,但两个品种的胚龄间增重幅度均达到差异显著性(P<0.05 ),1317胚
本研究所用荆江麻鸭、靖西麻鸭等9个地方鸭品种均由国家级水禽种质资源基因库(江苏泰州)提供,根据GeneBank和已发表文献上的鸭、部分鹅和鸡的微卫星序列和引物进行筛选,三色荧光PCR产物送至上海英骏生物技术公司,基于ABI-3730XL DNA Analyzer全自动测序仪平台进行STR分型。利用GeneMapper4.0软件读取基因型。利用Microsatellite-Toolkit软件检验输入
本文采集日喀则藏鸡、寿光鸡和白来航3个群体血液样品,用苯酚一氯仿法提取基因组DNA。设计引物19对扩增EPASl基因17个外显子、5"端5000 by和3"端2000by序列,每个群体10个个体PCR产物等量混池测序,比对分析SNP,选择相应的内切酶检测群体多态性。采集藏鸡、茶花鸡、寿光鸡3个品种种蛋进行低氧和常氧孵化,于孵化第9,11和16天采集尿囊绒毛膜组织,提取总RNA,以GAPDH为参照基
本文利用四川山地乌骨鸡出生后1,14.28,42,56,70 d和84日龄时颈静脉放血后,取胸肌、腿肌、肝脏和心组织,立即置于液氮中速冻,-70℃保存,备用。每个时间点各取6个个体(公母各半),同时进行生产性能测定。根据鸡CAPNl基因cDNA序列(FJ232589),采用。ligo6.0软件设计引物,用Beta-actin作为内参基因,进行定量PCR研究。将胸肌、腿肌、心和肝脏组织中CAPNl基
试验鸡群来自安徽省农科院畜牧所试验鸡场饲养的黄山黑鸡共计125只,翅下静脉采血抗凝后使用酚氯仿法抽提总DNA。根据王晓亮等(2010)的研究合成引物进行PCR扩增,上游引物序列为:GCATCACCTGTGGTGT-GGT,下游引物序列为:CATGGTTGGCTTCTCCAACT。扩增后的产物用Bsrj内切酶65℃酶切12小时,琼脂糖电泳检测酶切产物,分析其基因型。计算该群体T329S位点基因型频率
以安徽省4个地方家禽品种(群体)皖南三黄鸡60个,五华鸡120个,淮北麻鸡60个,淮南麻黄鸡308个,共计548个个体为样品。采集血样使用酚氯法抽提总DNA。根据Uemoto等(2009)的研究合成引物对OCX-32基因第4外显子进行PCR扩增,扩增产物使用限制性内切酶NcoI进行分析。利用软件POPGEN(Version1.31)计算OCX-32基因第4外显子在4个群体中的遗传多样性,利用一般线
试验所用金定鸭来自国家水禽种质资源基因库(泰州)。根据GenBank上公布的鸭RIG-I序列设计引物,利用RT-PCR克隆鸭RIG-I基因CDS区,根据保守结构域预测结果,构建携带6*his组氨酸标签的不同结构域缺失突变体的真核表载体(RIG-I-Full,RIG-I-N和RIG-I-C),转染鸡胚成纤维细胞DF1,经RT-PCR、间接免疫荧光方法鉴定重组质粒在细胞中转录与表达;同时利用RT-qP
选取不同饲料转化率、遗传背景相同且发育正常的120日龄崇仁麻鸡肠样品,进行总RNA的提取,反转录合成cDNA。采用Primer Premier 5.0软件设计特异性引物,实时荧光RT-PCR,每个样品2个重复,根据Ct值以及相应标准品的浓度制作标准曲线。用SPASS 17.0统计软件分析数据,采用t检验和单因素方差分析(one-way ANOVA)进行差异显著性检验,计算出样品中基因PepTlmR
选取同批出雏金定鸭(无母源抗体),由国家级水禽种质资源基因库(泰州)提供,3日龄时选取体重相当,精神状态较好的80只雏鸭,即试验组(40只)、对照组(40只)。试验组注射0.4mL(0.5mg/mL)PolyI:C,对照组注射0.4mL生理盐水,隔离饲养,分别于0,4,8,12,24,36,48,72,96h分不同时间点采集胸腺、肝脏、脾脏、肺、肾脏等组织样(其中对照组脾脏取两份样品,一份用于基因