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由于《江苏省太湖水污染防治条例》先于国家《水污染防治法》进行了修订，如此不可避免地导致其在适用过程中存在诸多的问题，它对于太湖流域环保部门在环境行政执法过程适用法律带来了诸多的困惑。这些问题主要表现在法律规范的冲突中，涉及到的法律制度包括环境影响评价制度、排污费征收制度、限期治理制度、环评区域限批制度以及环保设施正常运行制度等。