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乙型肝炎病毒在肝细胞中持续复制，对于大多数慢性乙型肝炎患者需要长期抗病毒治疗。目前现有的包括核苷(酸)类药物在内的抗病毒药物无法彻底清除病毒，随之而来的病毒耐药问题在很大程度上影响了抗病毒治疗应答。对于初始治疗患者应选择合理有效的治疗药物及方案，治疗过程中应进行严密准确的临床及病毒学监测，对于疗效欠佳的患者应进行早期干预，一旦出现耐药应根据交叉耐药通路及时调整治疗方案。同时，应加强不同靶点的新药研制和开发，以提高抗病毒药物的疗效，最终彻底根治乙型肝炎病毒感染。此外，核苷(酸)类药物口服方便，不良反应较少，然而，及时发现、正确处理一些少见的不良反应对提高治疗应答也是至关重要的，长期治疗的安全性也有待进一步观察研究。