马氏珠母贝又称合浦珠母贝，是世界上主要用于生产海水珍珠的贝类，本研究继续开发马氏珠母贝的EST和基因组微卫星标记，并对这些标记的遗传特性作了相关的分析，为构建第二代图谱奠定了基础。本研究中，从EST-SSR标记和基因组SSR标记在三亚野生群体中的分析结果可以看出，基因组SSR标记的多态性明显高于EST-SSR标记，这与Leigh等在小麦中的研究结果相一致。一方面微卫星是生物基因组中变异频率最快的序列，基因组SSR广泛分布于生物基因组的非功能区域，所受的选择压力较小。而结构基因中微卫星重复数的变化会引起基因的移框突变，导致基因表达完全不同或截短的蛋白，因此在进化过程中，基因区微卫星会受到强烈选择的影响，限制了其多态性。许多研究表明，高频率的无效等位基因和偏离孟德尔分离定律是海洋软体动物微卫星标记的两大特性，无效等位基因的存在使得分子标记在群体遗传学分析中出现混淆的结果，影响遗传结构的分析。由于存在无效等位基因，很难辨别出单态性位点和假单态性位点。存在无效等位基因的位点仍然可以进行家系的分析，并用于构建遗传连锁图谱，但存在无效等位基因的位点会降低图谱的使用性，因此为了构建可用性强的高密度的遗传连锁图谱还需要开发更多的标记。