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进入21世纪以来,全球畜牧业生产规模及养殖密度不断增加,由此带来的动物疫病多样化及复杂程度前所未有.在这一形势下,传统的、以根除为主要任务的单一动物疾病诊疗体系,无法兼顾环境可持续发展、食品安全及公共卫生安全等多样化的动物疫病防控需求.高通量测序技术的诞生,使得不依赖于病原体扩大培养、一次性地获得样本中的多种病原体核酸序列信息成为可能,为构建以流行病学监控、预防为主的新型动物疫病防治体系提供了坚实的技术基础.本文总结了当前这一技术在重大动物疫病领域的应用,并重点介绍了其优于传统方法的特点,特别是在检测灵敏度、流行病学监控、早期诊断、复杂及未知疾病病因甄别等方面的优势和新发现.