基于文本挖掘与计算机辅助药物设计的中药候选新药发现方法

来源 :第一届《药学学报》药学前沿论坛暨2015年中国药学会中药与天然药物专业委员会会议 | 被引量 : 0次 | 上传用户:wjhjordanaaaaaa
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  利用Pubmedpro 分面检索与聚类分析系统,以“Vascular Dementia”(以下简称VD)检索Pubmed,并对VD 关联疾病、症状、生物学过程、功能基因、药物及中药等进行聚类; 对聚类获得的中药,在《中药抗氧化活性成分》、《中药影响心脑血管系统活性成分》等中检索活性成分; 对聚类获得的基因,在Drugbank 中检索对应的小分子化合物; 利用Discover Studio 4.0的Find Similar Molecule by Fingerprints模块将中药活性成分与Drugbank 中小分子化合物进行空间结构相似性比对,空间结构相似的化合物可能具有类似的药理活性,“反向”筛选具有抗血管性痴呆潜力的中药.VD 发病有关的功能基因有NOTCH3、CSF2、APOE 等27个,Drugbank 中涉及295个小分子化合物; 文本聚类发现有昆布、千层塔、藕、益智、赤芍、番荔枝、浮小麦和茶树根8个有效中药,共涉及35个中药活性成分,据两类化学成分空间结构比对,发现益智仁、千层塔、赤芍和番荔枝对于血管性痴呆的治疗具有较大的潜力.面对传统医学体系下的“繁冗奥杂”的中药功效表述,通联“传统”与“现代”的药物表征体系,对于发现传统中药的新药理活性,推陈候选新药(含新复方)至关重要.本研究利用文本挖掘联合计算机辅助药物设计的方法,指认中药中主要成分的药效特征,为中药的功效进行现代解析,为新药研究与发现提供了一条新思路.
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