受到高度重视的中医学的整体观念体现着中医学的某种独特性。但是，这种整体观念的实现始终只能依赖于具体的医疗经验。中医是经验科学，因为它的实践基础是经验而还不具有系统的实验研究的证据基础;它在现今的知识增长方式仍然主要靠在具体的医疗实践过程中摸索积累，而难于借助现代技术引入实验研究领域加以深入探索，因而不能较快转化为具有普遍意义的规律性知识。中医学的基本理论没有脱离它的自然哲学的形态，其核心概念并非生命现象、疾病现象专属的确切概念，其理论框架、逻辑结构、推理方式受制于其理论核心阴阳五行的学说体系，其实践系统中所包含的大量丰富的实际经验。作为自然哲学的理论体系，中医理论作为一种解释生命世界的模型并非由核心概念、基本原理、基本规律逐级展开的严格的层级性逻辑系统，这一理论模型中不同构件间的关系有些是虚构而成。阴阳五行、脏腑经络、气血津液及各种辨证方法等等不同层级的学说、概念的内涵及其现实相关度有很大差异，看似相同的概念在不同层级上的含义，如阴阳、阴虚阳虚、肾阴肾阳、肾阴虚肾阳虚分属不同层级，其中看似相同的阴阳内含颇为不同，这些概念在体系内部虽有不太严格的限定性说明，但其内涵与其说得到了某种界定不如说只有在某种关系中才能得到一种动态性的把握。