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目的 探讨基因芯片检测系统在分枝杆菌种属鉴定及耐药性分析的临床应用价值，以及不同类型标本检出率的差异.方法 应用基因芯片技术，对患者的痰液、脓液、胸腹水、脑脊液等标本进行分枝杆菌DNA检测，进一步对结核分枝杆菌阳性标本进行耐药性分析.结果 900例临床样本的鉴定结果总阳性率为10.6％，洗肉水、穿刺物、脓液等阳性率较高.进一步对40例结核阳性标本进行耐利福平基因rpoB及耐异烟肼kat G、inhA基因检测，共有9例检测到了突变的耐药基因.结论 基因芯片检测系统可以直接进行分枝杆菌鉴定及耐药性分析，适用于不同类型标本，简便快速，灵敏度高，特异性好.