低丰度蛋白质的分析鉴定是蛋白质分析的关键瓶颈问题之一，为了实现低量蛋白质的酶解鉴定，我们建立了各种微纳流控酶反应器技术。介孔材料由于其独特的结构特点，在蛋白质组学分析及酶反应研究中有着潜在的优势，我们发展了一系列基于大孔氧化硅材料的纳反应器，通过直接将有序大孔氧化硅加入到常规酶解体系中，即可极大的提高酶反应效率；同时，通过调节氧化硅的表面电荷，实现了对不同等电点蛋白的选择性酶解；通过在表面引入氧化铝基团，得到了一种磷酸化蛋白质/肽段分析的复合纳反应器，极大的简化了传统的富集分离过程；采用以硼酸物种修饰大孔氧化硅，我们得到了具有糖基靶向性的纳反应器。此外，我们还建立了各种基于微流控液滴技术的酶反应器，用于复杂蛋白质的在线分离、酶解和质谱分析，通过将液滴微流控芯片作为色谱和质谱的接口，蛋白质混合物经分离后，在微流控芯片液滴中酶解，每个液滴可作为独立的微反应器，该反应体系避免了样品间的交叉污染和记忆效应。发展了基于微流控液滴技术的痕量组分在线富集方法，可实现低浓度/低丰度样品的在线浓缩，并且可以与质谱、光谱、电化学等检测器进行联用，液滴微流控芯片在高度集成的蛋白酶解领域有着很好的应用潜力。