目的：检测和分析腹泻病和手足口病患儿肠道EV71和基因分型。 方法：收集2007和2008年10~12月30名腹泻患儿和2009年4~6月40名手足口病患儿的粪便标本，同时收集手足口病患儿的临床资料。用试剂盒提取粪便标本病毒RNA，用PCR荧光探针法对上述标本进行EV71的检测；对EV71阳性的标本进行VP1基因节段的RT-PCR，选EV71感染重症和轻症各3份的阳性标本扩增产物纯化后进行核苷酸序列测定和分析，结果与GenBank中的EV71参考毒株进行比较，并依据VP1片段构建种系发生树；应用SPSS13.0软件进行对比统计分析。 结果：1)EV71的感染：40例手足口病患儿的粪便标本，27例EV71阳性，阳性率为67.5％。30例腹泻患儿的粪便标本中，1例EV71阳性，阳性率为3.3％。40例手足口病的患儿中：轻症23例，EV71阳性率52.17％(12/23)；重症17例，EV71阳性率88.24％(15/17)，两者的差异具有统计学意义(X2=4.267，P<0.05)。2)EV71的基因分型：本次EV71均为C基因型，与中国大陆流行的基因型基本一致。与A、B基因型参考毒株的核苷酸同源性分别为39.7％~41.3％和83.3％~84.9％；而与C基因型中的C4亚株代表株的核苷酸同源性高达90.5％～96.4％；在种系进化树上证实本次分离到的EV71毒株属于C4亚型。3)EV71核苷酸同源性的区域性：本次分析的6毒株其核苷酸同源性达92.6％~100％，与2008年昆明的3株参考株比较，核苷酸同源性为92.6％~99.2％。与2008年安徽、深圳、山东、武汉和北京等省份的分离毒株比较，核苷酸同源性为91.8％~99.2％；与匈牙利、澳大利亚、日本、马来西亚、新加坡等地流行时的毒株比较，核苷酸同源性为80％~86.5％；与2008年广州、浙江和2009年上海的分离毒株比较，核苷酸同源性为45.1％~45.9％。 结论：EV71是昆明2009年手足口病的主要病原之一。秋冬季腹泻患儿存在EV71的感染，但感染率低。重症手足口病患儿EV71检测出的阳性率较轻症患儿高。本次的EV71感染均为C基因型,属C4亚型，与国内流行的基因型基本一致。本次轻症和重症的毒株核苷酸同源性较高，与国内外流行时的毒株核苷酸同源性高低各有不同。